我国政府采购改革初期，基本上实行的是“管、采”合一的运行模式，随着改革的不断深入，提出了“管、采”分离的要求。经过近几年的努力，虽然在运行体制建设方面取得了一些进步，但仍存在诸多的问题，严重地影响着政府采购制度改革的深化。
1、宏观协调指导乏力：政府采购法把政府采购的监督管理职责赋予各级人民政府财政部门，财政部门与其他政府机关行政层级平行，缺乏行政管理的权威性，难以有效地统筹平行机关对政府采购制度改革的协调工作。如在监管机构与执行机构的分设问题上，自提出分离要求至今九年的时间已经过去了，从省级集中采购机构的情况来看，实现真正意义上分离的省份寥寥无几，财政部门也无能为力。宏观协调指导不力是当前影响政府采购制度改革深入开展的主要障碍。
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