目前，调整我国政府采购行为的法律是《政府采购法》和《招标投标法》，但两部法律之间却存在诸多矛盾与冲突，在某种程度上又影响了政府采购制度改革的顺利推进。
(1)适用范围相冲突：《政府采购法》第四条规定“政府采购工程进行招标投标的，适用招标投标法。”同时，财政部又颁布了《政府采购货物和服务招标投标管理办法》。《招标投标法》第二条规定“在中华人民共和国境内进行招标投标活动，适用本法。”政府采购法规定只有工程采购进行招标投标的，才适用招标投标法，各级国家机关、事业单位和团体组织，使用财政性资金采购依法制定的集中采购目录以内的或者限额标准以上的货物和服务均适用政府采购法。而招标投标法规定，在中华人民共和国境内进行招标投标活动的都适用招标投标法，也就是说不管是什么性质的单位，不管资金来源何种渠道，也不管是货物、工程还是服务项目，只要是采用招标投标方式进行采购的，都要由招标投标法规制。
(2)工程概念表述不同：《政府采购法》第二条第六款规定“本法所称工程，是指建设工程，包括建筑物和构筑物的新建、改建、扩建、装修、拆除、修缮等。”第二条第七款规定“本法所称服务，是指除货物和工程以外的其他政府采购对象。”《招标投标法》第三条规定“在中华人民共和国境内进行下列工程建设项目包括项目的勘察、设计、施工、监理以及与工程建设有关的重要设备、材料等的采购，必须进行招标。”政府采购法对工程的表述不包括工程建设项目的勘察、设计和监理，将其列入服务项目，而招标投标法将其列入工程项目，两法在工程概念的界定上不一致。
(3)对采购人自行采购的规定不同：《政府采购法》第十八条规定“采购人采购纳入集中采购目录的政府采购项目，必须委托集中采购机构代理采购；……。”《招标投标法》第十二条第二款规定“招标人具有编制招标文件和组织评标能力的，可以自行办理招标事宜。任何单位和个人不得强制其委托招标代理机构办理招标事宜。”政府采购法强调必须委托集中采购机构代理采购，招标投标法则要求任何单位和个人不得强制采购人委托代理机构进行采购，两部法律虽然都是为了规范政府采购行为，但在立法的指导思想上却不一致。
(4)邀请招标中对投标供应商(投标人)的选择方式不同：《政府采购法》第三十四条规定“货物或者服务项目采取邀请招标方式采购的，采购人应当从符合相应资格条件的供应商中，通过随机方式选择三家以上的供应商，并向其发出投标邀请书。”《招标投标法》第十七条第一款规定“招标人采用邀请招标方式的，应当向3个以上具备承担招标项目的能力、资信良好的特定的法人或者其他组织发出投标邀请书。”政府采购法要求通过随机抽取的方式选择三家以上的供应商，招标投标法授予了招标人自行决定投标人的权力。
(5)救济机制的设计不同：《政府采购法》第五十五条规定“质疑供应商对采购人、采购代理机构的答复不满意或者采购人、采购代理机构未在规定的时间内作出答复的，可在答复期满后15个工作日内向同级政府采购监督管理部门投诉。”《招标投标法》第六十五条规定，“投标人和其他利害关系人认为招标投标活动不符合本法有关规定的，有权向招标人提出异议或者依法向有关行政监督部门投诉。”政府采购法要求供应商认为自己的权利受到损害的必须先向采购人、采购代理机构提出质疑，采购人对答复不满意或者在规定的时间内未予答复的，才可向同级政府采购监督管理部门投诉。招标投标法则未规定此前置条件，可以向招标人提出异议，也可以向有关行政监督部门投诉。
(6)对采购的政策目标要求不同：《政府采购法》第九条规定“政府采购应当有助于实现国家的经济和社会发展政策目标，包括保护环境，扶持不发达地区和少数民族地区，促进中小企业发展等。”招标投标法却没有对政策目标作出规定，在政府投资巨大的工程采购中，应该是一项重大缺失。
(7)信息发布媒体确定不统一：政府采购法规定，由财政部门指定发布招标公告及政府采购其他信息的媒体，财政部先后指定了一些媒体。根据招标投标法的有关规定，由国家发展计划委员会(国家发展改革委)指定发布招标公告的报刊、信息网络或其他媒介，国家发展改革委先后又指定了另一些媒体。
(8)采购(招标)代理机构的资格要求不一致：《政府采购法》第十六条第一款规定“集中采购机构为采购代理机构。设区的市、自治州以上人民政府根据本级政府采购项目组织集中采购的需要设立集中采购机构。”《招标投标法》第十三条第一款规定“招标代理机构是依法设立，从事招标代理业务并提供相关服务的社会中介组织。”按照招标投标法的规定，政府设立的集中采购机构就不能从事招标投标活动，只有社会中介组织才能开展招标投标业务。《政府采购法》第四条规定“政府采购工程进行招标投标的，适用招标投标法”。根据本条规定，集中采购机构便不能涉足政府工程的招标采购活动，因其不具有招标投标法规定的代理资质，进入工程招标领域属于“非法”行为。
(9)确定废标(重新招标)的依据不一致：《政府采购法》第三十六条规定“在招标采购中，出现下列情形之一的，应予废标：(一)符合专业条件的供应商或者对招标文件作实质性响应的供应商不足三家的；……(三)投标人的报价均超过了采购预算，采购人不能支付的；……。”《招标投标法》第二十八条规定“……。投标人少于3个的，招标人应当依照本法重新招标。”按照招标投标法的规定，不管符合专业条件的供应商或者对招标文件作出实质性响应的供应商只有一家或两家，只要投标人不少于3个，本次招标就合法，就可以确定中标人。同时，对投标人报价超过预算的也未列为废标条件。 (作者为山东省省级机关政府采购中心主任)