近年来随着我国国力的增强，国家在科研经费上的投入从最开始的“不足”到现在“不差钱”，但庞大的科研经费在分配上却存在着明显的制度缺陷，科研经费的利用率普遍低下，跑、冒、滴、漏现象十分严重，大量科研经费正在蜕变为某些科研人员“圈钱”的对象。据中国科协日前发布的《全国科技工作者状况调查报告》，在全国，直接用于科研项目的科研资金比例仅为四成左右。
　　科学研究本该是最严肃、最求真的学术研究，科研经费的滥用和挪用不仅白白浪费有限的科研投入，妨碍科研事业的健康发展，也会严重玷污科研院所、高等院校作为神圣的科研殿堂的社会形象。加快推进科研经费管理改革，提高科研经费的管理水平和使用效率，让科研经费在阳光下运行，已经成为建设创新型国家和提高自主创新能力的迫在眉睫之事。
　　首先，要加大对科研经费的监管力度。有关部门加大对科研经费的监管审查力度，力求每一笔经费的用途和去向都审查清楚，同时加大对课题负责人滥用和挪用科研经费的问责力度。课题负责人要对课题经费使用负全责，如发现滥用和挪用科研经费问题，应当视情节和后果取消其课题负责人资格，取消申报课题资格，追回被滥用挪用的资金，若情节严重给予相应的纪律处分，构成犯罪的移交司法机关依法处理。
　　其次，要建立健全科研基金会制度。加大科研基金的比重，成立新的国家技术创新基金委员会等，政府部门科研经费财权和审批权要分离，掌握财权的政府部门要从直接的科研项目审批中退出。国家重大科技计划应由政府部门委托相关基金评估后决策实施，并实行问责制；一般科研项目经费则由基金会管理，政府部门负责监督。
　　第三，要调整科研经费分配机制。在很多国家和地区，超过100万元以上的科研计划都特别严格，以承担欧盟科技计划的研究人员为例，他们的经费细化到每一天的开支，比如参加学术会议是坐火车还是乘出租车，必须提前一年编制好预算，严格执行，到期不验收或者验收不合格者，取消其项目申报资格。反观我们的科研经费使用，却经常是一笔糊涂账。让科研经费透明公开，就要让科研经费的分配过程透明化、公开化，建立公平、公正、透明的科研经费分配机制，堵塞一个项目多头申报、多渠道获得资金的现象，提高资金使用效率。