要有效控制和减少农村的面源污染，首先要解决认识问题，尤其是提高政府重视程度；其次要尽快制定和完善农业生产和农村环境保护标准与法律；再次要努力提高农民环保意识；此外，农村地区还要提高企业的入住标准，等等。

　　面源污染是指溶解的和固体的污染物从非特定的地点，在降水（或融雪）的冲刷作用下，通过径流过程而汇入受纳水体，并引起水体富营养化或其他形式的污染。农村面源污染主要来自农村生产生活过程中产生的垃圾和污水（包括人畜粪便）、农药化肥残余物、城市垃圾向农村的转移、工业企业产生的污染等。
　　我国农村的环境保护长期受到忽视，“垃圾靠风刮，污水靠蒸发”的现象普遍存在。随着面源污染和生态破坏的加剧，农村环境质量日益下降，对农村居民身体健康构成严重威胁，血铅事件、癌症村等现象屡见不鲜、触目惊心。农村垃圾不仅规模急剧扩大，种类也发生了明显变化，由过去以餐厨垃圾和农产品废弃物等可自然降解的垃圾为主体，变得更加多元化、难以自然降解，且污染面大、污染性强，包括塑料膜、农药和化肥包装袋、食品及日用品包装、药品包装盒、废弃电池、电子垃圾等。目前我国农村95％的村庄还没有污水处理系统，农村生产生活的污水随意排放，重金属、废弃物渗滤液、农药化肥残余物、人畜粪便等对地表水和浅层地下水造成了比较严重的污染，严重威胁农村饮水安全。而劳动密集型的小规模农业生产在加剧农村面源污染的同时，也增加了面源污染的控制难度。
　　要有效控制和减少农村的面源污染，首先要解决认识问题，尤其是提高政府重视程度。由于对农村环保问题的长期忽视，缺乏必要的资金保障，农村环保政策、环保机构、环保人员以及环保基础设施均供给不足，垃圾和污染处理设施严重落后。政府应承担起主体作用，加大财政资金投入力度。资金的主要用途：一是组建农村环卫队伍，必要时可设立专门的农村保洁员或垃圾收运员；二是建立专门的垃圾收集、清运点，增加垃圾清运车辆；三是在有条件的地区增设垃圾就地资源化处理设备。经济较发达地区的资金筹措可以采取国家补贴、地方政府投入和个人资助相结合的方式进行。
　　其次要尽快制定和完善农业生产和农村环境保护标准与法律。目前我国在农业生产和农村环境保护方面法律缺失、无法可依的现象严重，标准偏少、偏低、过时、分类过粗等现象也普遍存在。在治理农村面源污染的标准和法律方面，发达国家为我们提供了很多可借鉴的经验。比如：为了限制农药的生产和使用，美国政府不断采取措施对农药的种类、性质、特点和使用方法进行了严格规定，以达到有效的管理和控制；欧盟在农业环境立法上制定了《硝酸盐施用指令》、《饮用水指令》以及《农药使用指令》等；日本的垃圾处理法律相当完备，采取了基本法、统率综合法和专项法的三层模式，1999年日本政府还颁布了 《食物、农业、农村基本法》，强调要强化保护农村土壤、促进生态资源等合理发展的能力。
　　再次要努力提高农民环保意识。由于城乡二元结构的存在，我国农民生活水平、受教育水平整体落后于城镇，而近些年农村地区受教育水平较高的中青年大规模进入城市打工，导致农村居民和农业主要劳动力以中老年和妇女为主，大多环保知识匮乏，环保意识相对淡薄。政府可以通过培训、宣讲、舆论引导、专题电视节目等方式打造立体式的、有针对性的农村环境保护宣传和教育平台，提高农民环保意识，从根本上促进农业生产生活主体造成的污染减量。
　　在有条件的地区，可以积极引导和鼓励农村垃圾和污水分散化处理。目前我国农村垃圾处理主要采取 “户清扫——村收集——镇运输——县（市）处理”的模式，总的来说是采取集中化处理的方式。事实上，农村垃圾与城镇垃圾从成分上来说区别较大，更适宜采用分散化处理、就地资源化利用的方式。在进一步做好源头垃圾分类的基础上，可以将难以自然降解的塑料袋、包装材料、电池、电子废弃物等垃圾延续集中化处理方式，而餐厨垃圾、农产品残余物等可通过小型资源化处理设备加工成动物饲料、生物燃料，人畜粪便可分户或小规模集中堆肥或生产沼气。就地资源化处理既可以降低垃圾清运成本，而且可以减小农村生产生活成本，从碳氮大循环的角度看，还有利于土壤质素的改善，减少化肥的使用，长期改善土壤结构，有效提高土地可持续生产能力。
　　此外，农村地区还要提高企业的入住标准，重点支持生态经济、循环和低碳型工业、生态循环型农业以及节能环保产业，严防工业污染的蔓延。