巴塞尔协议是针对国际活跃银行所提出的，虽然其在近期的实施中范围逐渐扩大，但是其政策制定的出发点还是围绕着国际活跃银行展开的，这在一定程度上就为发展中国家的全面实施带来了不适应性。另一方面，巴塞尔II和巴塞尔III都是针对美国次贷危机引发的国际金融危机展开的，其关注的主要对象也是欧美金融体系在危机中暴露出的不足和缺陷。因此，将巴塞尔III的监管标准照搬到发展中国家显然是一种“西方生病，东方吃药”的做法，并不利于发展中国家金融体系的繁荣健康发展。
在发展中国家过早加强衍生品场外交易市场的监管可能会阻碍经济金融的繁荣。金融衍生产品交易，特别是场外金融衍生产品交易，在危机中显现了较高的风险隐患。巴塞尔委员会要求对金融衍生产品的场外交易市场实施更为严厉的监管措施，然而，大部分发展中国家的金融衍生品市场还处于刚刚起步阶段，对于刚刚萌芽的市场实施过于严苛的监管可能反倒会阻碍衍生产品的发展，从而不利于衍生产品在金融市场中发挥其应有的润滑剂和资产定价等作用。对于金融体系较为完善、金融衍生品市场相对成熟的发展中国家来说，加强金融衍生产品场外交易市场的监管措施具有一定的意义；但对于一些尚未开展金融衍生产品场外交易的发展中国家金融市场来说，过早地对其进行监管反而不利于本国金融体系的完善。即使是对于那些衍生品场外交易市场已经成型的发展中国家来说，对于衍生产品的监管也应该视其发展状况和程度而定，当其没有发展成为系统重要性金融工具时，对其如何采取监管也需要不同视角的考量。
判断经济周期的前瞻性指标可能缺乏国际一致性。在巴塞尔III逆周期资本监管指标的选择中，目前巴塞尔委员会建议使用信贷／GDP这个指标对于当前的经济周期进行前瞻性的判断，然而该指标对大部分发展中国家并不适用。对于发展中国家来说，经济增长速度相对较快，经济增长的波动性也较大，且在经济运行中常运用计划性等强制性手段进行信贷调控，因此简单运用信贷／GDP这一指标很难准确衡量发展中国家在当前经济发展速度和波动条件下的信贷深度。因此，发展中国家在实施巴塞尔III逆周期相关要求时，可能更多选择违约概率等其他表征经济金融周期的指标以完善逆周期资本监管框架。
流动性覆盖率（LCR，优质流动性资产储备／未来30日的资金净流出量，不低于100％）和净稳定资金比率（NSFR，可用稳定资金／业务所需的稳定资金，不低于100％）是巴塞尔III新提出的两大流动性监管指标。针对危机前流动性风险监管的缺失，这两大指标对商业银行的流动性管理提出了新的约束。然而其中某些细节定义对于发展中国家来说并不适合，从而导致发展中国家对LCR和NSFR相关监管体系的构建并不十分热衷。
一方面，优质流动性资产的缺失可能在客观上导致发展中国家银行的流动性无法满足监管要求。巴塞尔III中对优质流动性资产进行了较为详细的描述，一般来说，政府债券是最好的优质流动性资产。但是某些发展中国家的国债发行量较低，为满足新标准的要求，商业银行可能不得不大幅持有本身就较为稀缺的国债。而企业债券只有达到AA－的评级才能被称为优质流动性资产，对于大部分发展中国家来说，由于国家的主权评级就不高，具备AA－评级等级的企业债券也十分稀缺。这样，由于金融市场中的优质流动性资产的流通量非常稀少，从而使得发展中国家很难实现巴塞尔III中关于流动性监管指标的最低要求。为此，不少发展中国家不得不大量引入发达国家发行的政府债券，然而这将导致较为显著的汇率风险。最终使得流动性监管变得形式化和机械化，而并没有真正起到监管的目的。
另一方面，巴塞尔III对金融资产流动性，特别是优质流动性资产和稳定资金的划分并不适用于发展中国家。例如，在沙特阿拉伯、南非等国家，国有机构股票、大额资金等都被视为其稳定性最高且质量最好的资金来源，但是这些金融资产在巴塞尔III中却并不被视为优质、高稳定的流动性资产。同时为满足LCR和NSFR最低要求，商业银行不得不进行更多的短期小额贷款、放弃长期大额贷款，从而可能对实体经济的长期、稳定发展形成较为显著的挑战，造成资金的结构性短缺。