过去漫长的岁月中，新疆巴音郭楞蒙古自治州轮台县境内发现有十余处距今约两千年的古城遗迹，经考证，汉代西域都护府就隐匿于其间。
历经两千多年的岁月刻蚀、风沙掩埋，古城仅存的少量土垒遗迹都被掩盖在荒漠植被红柳和梭梭之下，不易靠近，又难以辨认。考古学界也一直没有找到确定西域都护府准确遗址的力证。如今，随着史地研究、文献考证、遥感探物等传统及现代研究方法的不断突破及应用，这一谜题正日渐浮出水面。
在时间长河中沉睡的古城
“汉之号令班西域矣，始自张骞而成于郑吉”——公元前138年，汉武帝命张骞通西域，开拓丝绸之路“凿空”之旅。公元前60年， 为管理统一后的西域地区，西汉中央政权在西域的乌垒城设“西域都护府”，任命郑吉为首任都护，为西域地方最高军政长官。中国中央政权自此在西域设官、驻军、推行政令，行使国家主权；公元91年，东汉的班超任都护时期，都护府从乌垒城移驻它乾城。
中国不少历史文献都有关于西域都护府、历任西域都护事迹的记载。《汉书》记载，西域都护府设在乌垒：“乌垒，户百一十，口千二百，胜兵三百人。城都尉、译长各一人。与都护同治。其南三百三十里至渠犁。”
《汉书·西域传》记载了西域都护府设立的重大意义：“都护之起，自吉置矣。僮仆都尉由此罢，匈奴益弱，不得近西域。于是徙屯田，田于北胥鞬，披莎车之地，屯田校尉始属都护。都护督察乌孙、康居诸外国，动静有变以闻。可安辑，安辑之；可击，击之。”西域都护府守境安土，确保丝绸之路畅通。
曾经的边塞重镇，一度在荒凉的盐碱地中，在肆意生长的红柳和时间的洪流中沉睡。
结合文献记载，大多数学者认为，西汉时期西域都护府的具体城址在今天新疆轮台县境内。但面对轮台县境内已初步调查、试掘大小不一、形态各异的十余处古城遗址，学界一直没有找到确定西域都护府准确遗址的力证。而对东汉时期的它乾城的探寻和研究更是寥寥可数。
刚刚闭幕的新疆两会上，自治区人大代表、轮台县铁热克巴扎乡党委副书记、综治办主任冯杰等代表表示，西域都护府的大量遗迹、文物不仅具有很高的文物考古价值，而且在新疆的人文历史长河中具有非常重要的地位，对于说明新疆自古以来就是中国领土不可分割的一部分等重大历史问题，具有十分重要的意义。鉴于西域都护府的特殊重要性，代表们建议，要加快推进西域都护府考古挖掘和研究。
事实上，近年来，考古学界已开始加紧综合史地研究、文献考证、遥感探物等传统及现代研究方法，探寻西域都护府相关遗迹，希望能够借助新的手段和方法，早日揭开谜底。
自清代始即开始考证遗址之地
西域都护府今何在？
据史料记载，西汉、东汉时期，西域都护府分别设在乌垒城、它乾城。因此，西域都护府遗址应当有两处。针对西汉时期的乌垒城具体方位，自清代以来有不少学者考证。
清代著名学者徐松于19世纪撰写《西域水道记》时，将乌垒所在定于策大雅（今轮台县策大雅乡）以南；1928年，北京大学教授黄文弼随中瑞西北科学考察团赴塔里木盆地考察，则将轮台县的小野云沟定为古乌垒国地。
近年来，考古学者又相继提出不同的看法和思路。有学者根据“西域圆城、中原方城”的建筑特点建议锁定城墙形状为方形的古城重点研究；也有学者建议结合汉代建制体系，及与其他古城相对位置，推断西域都护府具体方位。
北京大学考古文博学院教授林梅村认为，汉代西域36国流行圆城，西域都护府最有可能采取西域圆城与中原汉式方城相结合的建筑形式。在他看来， 位于轮台县轮台镇赛维尔牧业村的“奎玉克协海尔古城”更像是乌垒城。
2011年，林梅村到此考察发现，该城中心区域有一不规则圆形高台，高8米左右，外圈城墙呈圆角方形。遗址城墙已颓，仅余墙基，但形制隐约可辨，其位置也与历史文献相符，边长百丈（231米），正是汉文化传入西域之后流行的方城。
北京大学考古文博学院教授陈凌则更倾向于结合汉代建制体系，通过相关古城间相对位置、水系位置等推断乌垒城的位置。满足这些条件的则是位于轮台县以东16至17公里附近的“卓尔库特古城”。
过去五年多时间，陈凌带领团队通过钻探，探清了“卓尔库特古城”城墙，内城平面呈不规则椭圆形，周长约1250米，规模可谓宏大。该城夯土层基本是汉代规制，汉代再往下的地层中出土了彩陶。
众说纷纭中，来自北京大学、中国社会科学院、新疆文物考古研究所等机构专家普遍认为，通过学者几年的潜心研究，乌垒城离最终确定只差“临门一脚”，通过进一步考古挖掘，有望在未来三到五年揭晓答案。
发现西域最高军政机构它乾城
就在关于西汉西域都护府城址之争悬而未决之时，另一座城的出现，或许为解开西域都护府城址之争提供了更多线索。
几乎与考察“卓尔库特古城”同一时间，陈凌在距离“卓尔库特古城”向西200多公里处，也就是阿克苏地区新和县城外的农田中，探测出一座体量庞大的古城遗址。
这座古城又名“玉奇喀特古城”，城池大部已被埋入地下，地表是戈壁红柳和沙土，还有一条公路穿古城而过。
尽管只有几处夯土结构的城墙立于地面之上，难以辨识，但考古学家利用遥感、钻探等多种探测手段，目前已基本掌握了这座地下古城的面貌。
陈凌介绍，这是一座“三重城”，即由外城、中城、内城三道城廊组成，均为夯土结构，每一重城墙都有一道城门，其中最外围城墙东西直线距离达到1471米，南北距离约800米。
“这座古城是目前新疆已知的370余座古城中规模最大的古代城池，极有可能是东汉年间，中原王朝设立在西域的最高军政机构——西域都护府它乾城所在地。”陈凌说，大体量的古城在西域古城中非常罕见，而城市的规模与行政级别和其重要性密切相关。
通过钻探，考古队发现，地下60公分至3.5米之间，有非常丰富的地层堆积，出土了大量汉代彩陶，证明此区间为当时汉代人生活的基本地面；而在地下3.5米到4米之间，则发现有比汉代更早的地层堆积，可推测到与内地战国年代同一时期。
陈凌表示，1928年，中国著名考古学家黄文弼先生曾在这里发现两枚印章，分别是汉代政府颁发给西域昆仑山北麓羌族的官印“汉归义羌长印”，以及东汉新莽时期，西域都护李崇的“李崇之印”。正是这两枚印章的发现，也为确定“玉奇喀特古城”为东汉时期西域都护府驻地提供了重要的文物证据。
史料记载，在东汉末至西汉初，西域都护府从乌垒城迁往它乾城。陈凌介绍，按距离核算，乌垒城（今轮台县）至它乾城（今新和县）约200公里，以汉代距离测算有近500里地。“西域都护府迁到它乾城，意味着中央政府对整个西域的控制向西推进了200多公里，延伸到了真正的西域腹地，标志着中央王朝在西域的管控力进一步增强。”陈凌说。
来自北京大学考古文博学院、中国社科院、新疆文物考古研究所等机构的大多数学者基本确认，“玉奇喀特古城”极有可能就是东汉时期西域都护府所在地。
中国社科院历史所中外关系史研究室主任李锦绣认为，“玉奇喀特古城”规模大、年代符合，又有文物印证，基本将西汉、东汉两朝西域都护府两者关系梳理清楚，是西域都护府考古研究的一大重要发现。
“玉奇喀特给我很重要的启示，它和卓尔库特形制竟如此相似。通过看玉奇喀特，我觉得卓尔库特是西汉西域都护府的可能性大了。未来只需解剖城圈就能更清楚，”北京大学考古文博学院教授赵化成说，“而玉奇喀特无论从钻探年代、出的印章还是城的规模体量，判定它是东汉时西域都护府的证据已非常充分。”
陈凌认为，寻找西域都护府不能将其作为孤立的遗址点来认识，而应看作是一个系统，结合配套设施如交通、警戒、次级城镇等等，需要放在一盘棋中才能理解全局。
