目前，国家对科研经费使用的管理日趋严格，但现行科研经费管理办法由于具体实施细则过于刻板或僵化，在实际操作中反而滋生了令人担忧的后果。全国政协委员、中国浦东干部学院常务副院长冯俊建议，科研经费的管理应该将以往的“正面清单+事前审批”的管理模式转变成“负面清单+事中监管和事后审计”的管理模式。
　　冯俊介绍，科研经费申请难，但要花掉科研经费更难，钱进了财务处的大门就很难拿出来。这导致了少数科研人员虚列支出或增加无关票据来获取本应合理获得的收入，一些有前途的科研人员因此栽了跟头。
　　冯俊建议，科研经费的管理应区别于政府行政经费的管理，可借鉴上海自贸区探索的成功经验，将科研资金管理从“正面清单”管理变为“负面清单”管理。先选择资金量相对较小、但具有较大影响的国家哲学社会科学基金项目和教育部人文社会科学基金项目进行试点，边试点边总结完善，经验成熟后再向其他基金、专项等推广。