就在沪港通正式启动的前夜，内地和香港投资者最为关心的税收问题终于落定。
11月14日，经国务院批准，财政部、国家税务总局和证监会联合下发《关于沪港股票市场交易互联互通机制试点有关税收政策的通知》和《关于QFII和RQFII取得中国境内的股票等权益性投资资产转让所得暂免征收企业所得税问题的通知》，对沪港通试点涉及的所得税、营业税和证券（股票）交易印花税等税收政策以及QFII、RQFII所得税政策问题予以明确。
上述文件明确，自2014年11月17日起至2017年11月16日止，对内地个人投资者通过沪港通投资香港联交所上市股票取得的转让差价所得，三年内暂免征收个人所得税。自2014年11月17日起，对香港市场投资者（包括企业和个人）投资上交所上市A股取得的转让差价所得，暂免征收所得税；对香港市场投资者（包括单位和个人）通过沪港通买卖上交所上市A股取得的差价收入，暂免征收营业税；香港市场投资者通过沪港通买卖、继承、赠与上交所上市A股，按内地现行税制规定缴纳证券（股票）交易印花税；内地投资者通过沪港通买卖、继承、赠与联交所上市股票，按照香港特别行政区现行税法规定缴纳印花税。同时对其他有关税收政策问题根据现行税制规定予以明确。
同时，自2014年11月17日起，对QFII（合格境外机构投资者）、RQFII（人民币合格境外机构投资者）取得来源于中国境内的股票等权益性投资资产转让所得，暂免征收企业所得税。在2014年11月17日之前QFII和RQFII取得的上述所得应依法征收企业所得税。
财政部税政司、国家税务总局政策法规司、证监会会计部有关负责人表示，之所以对内地个人买卖港股差价三年内暂免征税，主要考虑沪港通尚处于启动试点阶段，为吸引内地个人赴港投资，推动沪港通的开展，在税收政策方面给予适当优惠。免税期限暂定三年，未来根据我国资本市场发展和开放的总体情况等综合因素再统筹研究。同时，按照现行税收政策规定，对个人转让从二级市场取得的上交所、深交所上市公司股票的差价所得，暂免征收个人所得税。根据内地和香港税收安排以及我国与多数国家签订的税收协定的有关规定，对非居民的股份转让所得除少数情况外，基本是不征所得税的。考虑到香港市场投资者按内地和香港税收安排或其他税收协定申请免税待遇程序复杂，耗时较长，为减轻纳税人和税务机关的执行成本，从政策上明确了免税待遇。
同时，考虑到QFII、RQFII和沪港通在交易性质和经济实质上的类似性，在税收政策方面宜通盘考虑，否则容易造成税收政策不公平，甚至引发避税问题。因此，在对沪港通机制下的香港市场投资者暂免征收股票转让差价所得税的同时，对QFII和RQFII取得的股票等权益性投资资产转让所得一并给予免税待遇。对香港市场投资者（包括单位和个人）通过沪港通买卖上交所上市A股的差价收入暂免征收营业税，主要考虑：一是目前对QFII在境内从事证券买卖业务是免征营业税的，对香港市场单位投资者通过沪港通直接买卖上交所上市A股免征营业税，在政策上更为公平；二是对香港市场个人投资者按现行政策规定是免征营业税的，由于香港结算无法区分实际投资者是单位还是个人，单独对单位投资者征税难以操作。
上述文件还明确，对香港市场投资者(包括企业和个人)投资上交所上市A股取得的股息红利所得，按照10%的税率征收所得税。有关负责人表示，之所以对香港个人取得的股息红利为什么不实行差别化税收政策，主要是因为在现行香港证券结算体制下，香港结算无法区分实际投资者是企业还是个人。如果未来香港证券结算体制发生变化，香港结算能够区分实际投资者身份，及不同投资者的持股时间，对香港个人投资A股的股息红利所得可按差别化税收政策执行。
沪港通税收政策的最终明确，也给内地和香港的投资者吃了一颗“定心丸”，在此之前，由于相关税收安排迟迟未能落地，不少投资者尤其是香港的机构投资者都对通过沪港通投资A股市场持观望态度。而在此之前，对于QFII(合格境外机构投资者)等海外机构在A股的投资是否征收资本利得税，监管层一直没有明确说法。相当多的QFII机构和RQFII(人民币合格境外机构投资者)管理人都按业内默认的10%比例来预提资本利得税。与此同时，沪港通投资A股的海外投资者是以现金交易的。若投资者在交税前关闭账户，或会导致券商无意间承担未来的税务负担。鉴于内地的“暂时非现金”的交割安排有别于海外市场的现金证券同时交割的规则，容易产生对手盘风险，并或会使一些基金因此望而却步。
交银国际董事总经理首席策略师洪灏评论指出，这一政策利好A股，暂时统一了QFII和沪港通资本利得税收上的处理。虽然市场之前预期也是三年左右免税，但是政策出台时间超预期，显示托市的决心。英大证券研究所所长李大霄则认为，财政部公布沪港通试点及QFII、RQFII一系列税收政策，对支持沪港通试点顺利开展、促进中国内地与香港资本市场双向开放和健康发展将发挥积极作用。“方向正确，打消了投资者的疑虑，对A股与港股皆属重大利好消息。”他说。
