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1993年起在海外媒体工作，其间对中国环境和资源状况做跟踪研究。完成《中国水危机》一书，阐述中国七大流域面临的水资源问题及其对流域内经济、社会和生态环境构成的威胁，提出中国一些地区可能陷入水危机，分析造成水资源困境的根本原因，倡导对江河生态的保护和对水资源的可持续地利用。该书1999年底由中国环境科学出版社出版，英文版于2004年在美出版。
2000年任SCMP网络公司北京代表处首席代表，负责协调网站在华业务，组织中国报道，同时为报纸撰写环境专稿。2002年加入博信国际咨询公司，为在华海外投资企业提供有关中国环境、健康和安全(EHS)相关政策和法律的咨询服务；为跨国企业在华的供货商制定企业社会责任标准和评价体系，并以其开展环境、健康、安全和劳工权益的审核。
2004年入选耶鲁大学世界学人项目(Yale World Fellows
Program)，其间对中美环境管理体制作比较性研究，并向美国各界人士介绍中国面对的严峻环境挑战，以及中国政府和公众为保护环境付出的巨大努力。2005年6月回国后，继续致力于江河生态保护的工作；同时撰写文章，探讨中国环境和资源管理体制变革方向和可行出路。
2006年6月，出任公众与环境研究中心主任，致力于推动环境信息公开和污染防治。先期领导开发了一个水污染公益数据库，汇集和整理全国各省、市水质信息、排放信息和污染源信息，通过“中国水污染地图”网站，
提供给公众使用。
马军因开发出中国第一个水污染公益数据库，发布“中国水污染地图”而被评选为2006年绿色中国年度人物。
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